面向政府部门、港航企事业单位及社会公众，开展水运信息化发展规划研究，包括：发展战略、信息化规划、发展政策研究、标准规范、政策法规及其他咨询业务，承担了行业信息化研究等数十项科研任务。

全国港口管理行业要进一步加快推进信息化建设，抓好以电子政务为主体的港口行政管理和服务系统，实现真正意义上的电子政务，最终达到信息完全共享和交换，必须解决横亘在全国港口管理部门之间的互联互通问题，建成“纵向一体化”的全国港口管理信息系统。

面向政府部门、港航企事业单位及社会公众，开展水运信息化顶层设计，包括：信息化基础理论、顶层方案设计、信息资源规划、总体方案设计、信息化评估、前沿技术跟踪及其他咨询业务，承担了行业信息化多项科研任务。

交通部水运科学研究院是经交通部认可的港口设施保安组织，开发的“三维港口设施保安训练演习模拟系统”目前是全国唯一专业用于港口设施训练演习的模拟软件。 通过“三维港口设施保安训练演习模拟系统”，即在计算机系统上完成训练演习过程，将有利于这种练习和测试准备的方便性、过程的规范化，并且节省实际保安人员进行

系统主要功能：商务受理、各种作业计划制定、生产作业确定、审核及管理、作业监控、数据导入导出、商务计费、查询、统计、系统维护、图形化堆场定义、堆场规划、船舶调度、堆场货物监控。 2011年4月该系统获得了国家版权局颁发的《计算机软件著作权登记证书》。