1956年8月，在中央“向科学进军”的号召下，交通运输部水运科学研究院（以下简称“水运院”）应运而生，从此，新中国在水运科技领域有了自己的“国家队”。

建院以来，水运院在不同历史时期完成了一系列国家级和省部级重大科研课题，牵头组织开展了多项重大科研攻关，取得了一系列重要科研成果，创造了中国水运科技史上的多项第一，有力地支撑了我国水运事业的蓬勃发展。这些成果包括：与苏联专家合作研究和设计制造出我国第一台浮船吸煤机；规划了我国第一条国际集装箱运输航线；研发出国内第一只国际标准集装箱；设计了国内第一台岸边集装箱装卸桥；开发出第一套集装箱码头管理信息系统，等等。

作为水运科学研究的国家队，在交通运输部党组的正确领导下，水运院近年来始终以加快建设交通强国为使命，以水运科研高质量发展为主题，遵循“政治建院、科研立院、改革兴院、人才强院”的宗旨，瞄准“建设交通运输行业高端智库和世界一流科研机构”的愿景目标，深化“为政府决策提供智力支撑、为行业发展提供技术支撑”的职能定位，在为部服务、科技支撑引领行业发展等方面都做出了突出的贡献。

水运院深度参与我国水运发展战略政策的研究和技术支撑工作，特别是在海运强国战略、内河优势发展战略、长江航运高质量发展、智能航运发展、建设世界一流港口、绿色航运等方面取得了多项重大研究成果。在行业技术创新方面发挥了示范引领和支撑作用，承担了水上溢油应急处置关键技术、基于船岸协同的船舶智能航行与控制关键技术等重大国家科研项目的研发，研制的“水运一号”卫星由长征11火箭搭载成功发射，成为全球首个依托商业卫星实现船舶在轨智能跟踪拍摄的卫星载荷。

经过多年发展，水运院形成了以“水运经济、安全应急、环保节能、现代物流、智能水运”等五大科研领域为主、覆盖水路交通运输各个方向的专业体系，形成了集咨询服务、装备研发、工程设计、航运服务、交流培训五大板块于一体的业务领域。

水运院建有1个国家国际科技合作基地（水路运输污染防治与重特大事故应急技术示范型基地）、1个交通运输行业技术研发中心（卫生防疫技术研发中心）、4个交通运输行业重点实验室（港口物流装备与控制工程、集装箱运输智能化、无人船舶系统及设备关键技术、综合交通运输理论）。创立出版了《水运科技》《水运科学研究》《集装箱运输》和《船舶防污染》等多本行业内部刊物，定期向行业主管部门和相关机构、企业提供《水路交通决策参考》；定期发布中国港口股票指数和中国航运股票指数，是研判水运行业经济运行形势的重要指标。

水运院总占地面积约21.8万平方米，建筑面积约6.6万平方米。在北京大兴拥有一座占地208亩的大型综合性实验基地，在天津滨海新区拥有约70亩的科研用地，在河南洛阳黄河小浪底库区建有1000余亩的绿化扶贫基地。

目前，水运院设有7个机关职能处室、31个院属机构及单位、1个博士后科研工作站，包括交通运输部环境保护中心、中国海事服务中心两家事业单位。全国港口标准化技术委员会、全国集装箱标准化技术委员会、全国起重机械标准化技术委员会臂架起重机分委会、全国内河船和水路运输标准化技术委员会4个全国标准化技术委员会及分支机构挂靠在水运院。受交通运输部委托，水运院还负责亚太经合组织（APEC）下设的亚太港口服务组织（APSN）秘书处的运行管理工作。

水运院现有在职职工1368人，其中事业编人员454人。院本部事业编职工415人，其中硕士以上学历占80%，具有高级专业技术职称及以上的占50%。高层次人才培育力度不断加大，人才储备体系初步建立。其中，在第五届交通运输部专家委员会的委员有3人，享受国务院政府特殊津贴5人次，交通运输部“新世纪十百千人才工程“第一层次人才3人，首批新世纪百千万人才工程国家级人选2人，全国杰出专业技术人员1人，交通运输青年科技英才12人，交通运输部科技创新领军人才2人，交通运输行业重点领域创新团队2个，中国航海学会科技贡献突出人物5人，中国航海学会青年科技人才4人，中国科协青年人才托举工程人选2人，历年入选国家和省部级专家库200余人次。

当前，水运院正积极推进交通强国建设试点任务，着力研究世界一流港口综合评价体系、水运安全重大风险防控技术、港口与船舶污染防治关键技术、智能航运关键技术、多式联运快速转运装备关键技术等，在天津滨海新区建设世界规模最大、功能最强的海上溢油应急处置实验系统，努力在加快建设交通强国、当好中国式现代化开路先锋的新征程中再立新功。