承担交通环保科研开发项目是中心的主要职责之一。中心主持或参与国家、交通运输部、交通运输部海事局以及地方相关部门立项的公路、水路环境保护科研项目近20余项，为我部制定环境保护相关政策、提高行业环境管理水平提供了技术支撑。

 “十二五”期间，中心承担完成了交通运输部联合攻关科研项目《大型散货港口粉尘治理关键技术研究》，其成果为大型散货码头选用合理可靠的粉尘治理技术和有效控制粉尘排放提供了依据，也为制定我国大型散货码头粉尘防治政策提供决策支持。

中心还完成了交通运输部科研项目《国家船舶有毒有害物质（HNS）应急设备配备标准研究》及《水路危险化学品运输突发事故应急能力评估体系研究》，研究成果对提高我国水上危化品事故应急管理水平具有重要的意义。中心多年来取得了丰硕的科研成果，其中，《中国海上溢油应急计划编制》、《防止和处置船舶重大油污染问题研究》获中国航海学会二等奖；交通运输部西部科研项目《三峡库区船舶防污染关键技术研究》、《张家港苏润码头危险品运输风险评估及应急处置技术研究》获中国航海学会三等奖；2011年被授予“长江口深水航道建设先进集体”奖。